UEs du M1 de Santé Publique 

 

1/ FICHE CHOIX DES UEs  à remettre au secrétariat de Biologie Humaine lors de l'inscription définitive M1 MSP FICHES DE CHOIX D'UEs.pdf

2/ DOCUMENT DETAILLE quant au choix des UEs en fonction des parcours de M2 envisagés

Parcours B3S  2016-2020 CHOIX UEs parcours M2 B3S.pdf

Parcours PHAME  2016-2020 CHOIX UEs parcours M2 PHAME.pdf

Parcours EPIRIS  2016-2020 CHOIX UEs parcours M2 EPIRIS.pdf

Parcours HR-CR  2016-2020 CHOIX UEs parcours M2 HS-CR.pdf

Parcours 2016-2020 CHOIX UEs parcours M2 ASP.pdf

 

SEMESTRE 1 : 30 ECTS (UEs au choix parmi la liste ci-dessous) 

Anglais pour la communication professionnelle Niveau 1 (V James) (3 ECTS) OBLIGATOIRE CONTROLE CONTINU PAS DE RATTRAPAGE
Biostatistique et Modélisation (M Rabilloud) 9 ECTS 
Droit de la santé - Ethique médicale (G Maujean - V Siranyan) 3 ECTS  
Epidémiologie (Ph Vanhems) 3 ECTS 
Initiation à la micro-économie (N Moumjid) 3 ECTS 
Introduction aux actions de santé publique (C Lasset) 3 ECTS
Introduction aux essais thérapeutiques (D Perol) 3 ECTS
Méthodologie de la recherche clinique et épidémiologique (F Chapuis) 6 CTS
Pharmacologie générale et clinique (Q Timour-Chah) 6 ECTS
UE de M1 du Master Biodiversité, Ecologie, Evolution UCBL1 : Analyse de données expérimentales en biologie (I Amat) 6 ECTS
UE libre provenant d’autres M1

 

SEMESTRE 2 : 30 ECTS (UEs 15 ECTS et 15 ECTS stage obligatoire)
Formation à la recherche en Sciences humaines et sociales (N Lechopier, M Préau) 3 ECTS
Initiation à l'économie de la Santé (H-M Späth) 3 ECTS
Méthodologie d’évaluation médico-économique dans les systèmes de Santé (C Colin) 9 ECTS  
Outils de gestion et d’analyse de données (L Ayzac, J Vermont) 3 ECTS CONTROLE CONTINU PAS DE RATTRAPAGE
Pharmacologie générale et toxicologique (Q Timour-Chah) 3 ECTS
Recherche clinique : Application concrète et savoir-faire (F Chapuis) 3 ECTS
Statistique avancée (V Viallon) 3 ECTS - UE destinée aux étudiants souhaitant s'orienter vers les parcours de M2 B3S ou PHAME ou EPIRIS

UE de M1 du Master Biodiversité, Ecologie, Evolution UCBL1 : Bioinformatique et modélisation (L Guéguen-C Lopes) 6 ECTS

Ue de M1 du Master Biodiversité, Ecologie, Evolution UCBL1 : Ecologie, évolution quantitatives (S Charles) 6 ECTS

UE libres provenant d’autres M1

STAGE OBLIGATOIRE 15 ECTS : Les étudiants doivent effectuer un stage d’initiation à la recherche d’au moins 4 semaines. Ce stage doit être effectué dans un laboratoire de recherche universitaire ou privé ou dans une collectivité locale. Le stage est validé par un mémoire et une soutenance orale au mois de juin.
 

PROGRAMME détaillé des UEs 

SEMESTRE 1 – 30 ECTS 

Anglais pour la communication professionnelle Niveau 1 (V James) 3 ECTS - CONTROLE CONTINU PAS DE RATTRAPAGE
Objectif L’objectif est d’atteindre à l’issue du master au minimum le niveau B2 dans le Cadre Européen Commun de Référence.  

Ecrit : Compréhension et rédaction d'articles et de notices techniques, de rapports, de correspondance professionnelle formelle et informelle (lettre de motivation par exemple). Compréhension d'articles scientifiques, rédaction d'abstract.

Oral : Savoir expliquer des technologies, processus, méthodologies liés au domaine d’étude. Maîtriser la communication formelle et informelle pour pouvoir s'exprimer avec spontanéité lors d’une réunion professionnelle, d’un entretien de nature professionnelle (recrutement, entretien d’évaluation annuelle, conversation téléphonique, négociation, etc.),

Communication : Pouvoir présenter un diaporama en lien avec le domaine d’étude de façon formelle et informelle. Pouvoir participer de façon active à un congrès de type congrès international (présentation orale de travaux de recherche)

Cours : 30 H de TD

Modalités d'évalution : 100 % CONTROLE CONTINU

 

Biostatistique et Modélisation (M Rabilloud) 9 ECTS

Description d’un échantillon / Analyse d’une étude descriptive : Estimation d’une prévalence, d’une incidence - Méthodes d’estimation et intervalles de confiance / Analyse d’une étude de cohorte avec un critère de résultat qualitatif : Analyse d’une étude de cohorte avec un critère de résultat qualitatif  - Comparaison de pourcentages, ampleur d’effet, niveau de preuve / Analyse d’une étude de cohorte avec un critère de résultat quantitatif : Analyse d’une étude de cohorte avec un critère de résultat qualitatif – Principe des tests, comparaison de moyennes, analyse de variance, régression linéaire simple / Analyse d’une étude d’évaluation de méthodes diagnostiques : Estimation des performances d’un test diagnostique - Probabilités et raisonnement probabiliste / Analyse d’une étude de cohorte avec un critère de résultat censuré : Méthodes d’estimation et méthodes de comparaison / Analyse d’une étude cas-témoins.

36 H de CM  - 24 H de TD - 20 h de travail personnel - Modalités d'évalution : Examen écrit

 

Droit de la santé – Ethique médicale (G Maujean - V Siranyan) 3 ECTS

Droit Médical : Mme Maujean – 15 h de CM : Droits des patients / Responsabilité médicale : pénale, civile, administrative et disciplinaire / Infections nosocomiales : définition, responsabilité et réparations /    L'expertise médicale amiable et contentieuse.

Droit Pharmaceutique Mme Siranyan – 15 h de CM : Définition des produits de santé: enjeux et perspectives, influence des instances européennes / Risques liés à l'utilisation des produits de santé: la réforme de la pharmacovigilance, la sécurité sanitaire et les autorités compétences, les conséquences de l'affaire du "médiator" sur notre système de santé, la gestion des conflits d'intérêts / Responsabilité du fait des produits défectueux: l'exemple du vaccin contre l'hépatite B ou des prothèses PIP.

Modalités d'évalution : Examens écrits et Contrôle continu

 

Epidémiologie (Ph Vanhems) 3 ECTS : Méthodes épidémiologiques descriptives et analytiques.

Méthodes épidémiologiques descriptives et analytiques. Place de l’épidémiologie dans la recherche en santé. : Les mesures de la santé  / Les méthodes de recueil des informations. Qualité des informations. / Méthodes descriptives en épidémiologie. / Relation causale en épidémiologie. Calcul du risque. Confusion et biais. / Les approches méthodologiques utilisées dans le cadre de l’épidémiologie analytique : études cas-témoins, études de cohortes. Bases d’épidémiologie expérimentale et clinique. / Planification d’une enquête épidémiologique.  Les notions de facteurs de confusion et de biais seront particulièrement  traitées. Le cours sera complété par des exemples pratiques

19 H de CM - 3 H de TD - Modalités d'évaluation : Examen écrit

 

Initiation à la micro-économie (N Moumjid) 3 ECTS

Le consommateur du point de vue de l’économie de la santé / Le producteur du point de vue de l’économie de la santé / Applications au secteur de la santé

15 H de CM - 8 H de TD - Modalités d'évaluation : Oral - Rapport - Exposés

 

Introduction aux actions de Santé Publique (C Lasset) 3 ECTS

Cette U.E. traitera de la définition et des champs d’application de la santé publique. Différentes actions ou programmes de  santé publique seront présentées ainsi que les organismes qui en ont la responsabilité. Des exemples seront pris dans le champ de la prévention, l’éducation pour la santé, l’épidémiologie, de la surveillance de la santé des populations. Des interventions des professionnels de terrain seront privilégiées.

30 H de CM - Modalités d'évaluation : Examen écrit et contrôle continu

 

Introduction aux essais thérapeutiques (D Pérol) 3 ECTS

1-Enumérer et définir les objectifs des différentes phases du développement d’un médicament : * Interface préclinique-clinique : prérequis, constitution des dossiers * Essais de phase I et II : enjeux et méthodes spécifiques * Essais de phase III :- Justifier le principe de l’essai comparatif, de la randomisation, du double aveugle - Identifier les grands principes utilisés dans l’analyse et dans l’interprétation des résultats d’un essai thérapeutique : validité externe (réalité statistique du résultat, biais), cohérence externe (méta-analyse), pertinence clinique (critères de jugement, taille de l’effet, balance bénéfice-risque). Plans spécifiques : cross-over, plans factoriels.  Analyse en sous-groupes, analyses intermédiaires, analyses séquentielles hiérarchiques. Aspects statistiques : rappels statistiques, taille d’échantillon, randomisation, AIT, analyse de survie (principes, méthode actuarielle, Kaplan-Meier), plans bayésiens. // 2-Enumérer les grandes étapes de la mise en place d’un essai thérapeutique, et les grands principes du monitoring. // 3-Connaître les aspects réglementaires et éthiques des essais thérapeutiques. // 4-Connaissance des métiers de la recherche clinique et leurs spécificités. // Interprétation des résultats d’un essai clinique de phase III et lecture critique d’article.

15 H de CM - 5 H de TD - Modalités d'évaluation : Examen écrit

 

Méthodologie de la recherche clinique et épidémiologique (F Chapuis) 6 ECTS

Le protocole de recherche. / Essais Cliniques Randomisés. / Différents types de design d’études cliniques et épidémiologiques. / Cas témoin. / Evaluation des méthodes diagnostiques : Sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positives et négatives. Reproductibilité Choix du seuil diagnostique, courbe ROC. Cohorte. / Méthodes d’analyse d’une étude de cohorte cas-témoin : Critère de jugement, Chi2 ajustement, tests d’homogénéité. Introduction à la méta-analyse des études d’évaluation des tests diagnostiques et exemple d’application. Niveaux de preuve et mise en place d’une stratégie d’utilisation pour un test diagnostic. Objectifs et planification d’une étude pronostique. Particularités des tests de dépistage. Réalisation pratique d’une enquête épidémiologique (1) : méthodes et exemple. Outils statistiques pour l’établissement et la comparaison des Courbes ROC. Odds, probabilité pré-test et post-test, introduction à l’analyse de décision, utilité, intervalles de confiance et méthodes de comparaisons.

30 H de CM - Modalités d'évaluation : Examen écrit
 
Pharmacolotie générale et clinique (Q Timour) 6 ECTS

Module 1-1ère partie Pharmacologie générale (16 H) – Responsable Q Timour : Résorption digestive des médicaments, effet de premier passage, biodisponibilité. / Pharmacodépendance : aspects neurobiologiques, principales classes pharmacologiques concernées / Biotransformation des médicaments – Polymorphismes génétiques / Mécanismes ioniques et enzymatiques d’action des médicaments

Module 2 Pharmacologie clinique (12 h) – Responsable F Gueyffier : Les critères de jugement – Les indices d’efficacité – La méta-analyse / Les sources de biais dans la mesure de l’effet et les moyens de les contrôler – Les plans expérimentaux et le calcul des effectifs nécessaires / Les essais d’équivalence – Les difficultés éthiques des essais cliniques

REVISIONS
28 H de CM - Modalités d'évaluation : Examens écrit - Rapports de stage - Soutenance des mémoires bibliographiques
 
UE de M1 du Master Biodiversité, Ecologie, Evoluation UCBL1 : Analyse de données expérimentales en biologie (I Amat) 6 ECTS

Face à la complexité et à la variabilité du monde vivant, et compte tenu du développement de nouvelles méthodes d'acquisition de données dans tous domaines de la biologie (génomique, génétique, écologie.... Cf. UE TAD), les notions de planification expérimentale et les outils d’analyse statistique de données sont indispensables pour comprendre le fonctionnement et l'évolution des systèmes biologiques. Cette UE vise à : i) Sensibiliser à l’importance, en biologie, de conduire une planification expérimentale rigoureuse, couplée à une analyse statistique adéquate des données, et ii) Fournir une initiation à des méthodes d’analyses transversales (e.g. analyse multivariées) à divers champs disciplinaires de la biologie (biologie moléculaire, écologie...) (TP : 13.5 / TD : 21 / CM : 25.5). Planification expérimentale (TD sous R : 15h / CM : 18h) Comment et avec quels outils méthodologiques, la statistique permet-elle de mettre en place un plan d’expérience efficace ? Quelles sont les conséquences d’un plan d’expérience non rigoureux ? Quelle analyse statistique (principalement modèles linéaires) mettre en œuvre pour un plan d’expérience donné ? Analyse de données (sous R et Galaxy) Dans un tableau de données, comment étudier le lien entre les différentes variables et/ou mettre en évidence une structure entre les individus (ACP- AFC) ? Comment mettre en œuvre une analyse bio-informatique de données de séquençage haut-débit (Cf. UE TAD) ? Comment analyser et interpréter des phylogénies moléculaires ? Des méthodes d’analyses plus avancées seront abordées dans l’UE EEQ.

Equipe pédagogique : Isabelle Amat (resp.), Céline Brochier, Anne-Béatrice Dufour, Vincent Lacroix, Frédéric Menu.

 25,5 H de CM - 21 H de TD - 13,5 H de TP - Modalités d'évaluation : Examen écrit
 

UE libre provenant d'autres M1

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SEMESTRE 2 – 30 ECTS 
Formation à la recherche en Sciences Humaines et Sociales (N Lechopier, M Préau) 3 ECTS

L’objectif est de former  les étudiants à la pratique de la recherche : problématiser, analyser la position du chercheur, collecter les données, collaborer avec les acteurs concernés et les impliquer dans la progression des investigations…. Dans cette perspective les étudiants seront initiés à divers types d’épistémologies, d’approches méthodologiques (questionnaires, interviews, observations, dispositifs participatifs), ainsi qu’aux différentes techniques de traitement et d’analyse de données. Ces enseignements réalisés par des enseignants-chercheurs en sociologie, psychologie sociale et philosophie seront étayés par une sélection de référentiels théoriques, contextualisés dans le champ de la santé publique et concrétisés par des présentations de projets de recherche concernant les thématiques de la santé :  Programme : Eléments d'histoire et de philosophie de la santé publique / Introduction aux SHS /Ethique et questionnements épistémologiques en santé / Les approches quantitatives / Les approches qualitatives  / Contexte et actualités de la recherche en santé publique / Promotion de la santé et éducation à la santé / Les méthodologies en SHS.

24 H de CM - Modalités d'évaluation : Examen écrit

 

Initiation à l'économie de la Santé (H-M Späth) 3 ECTS

Programme : Le système de santé français / La régulation de l’offre de soins / Les dépenses de santé / Initiation aux études d’évaluation économique en santé / Présentation des différents types d'évaluation médico-économiques / Les décisions en Santé / Les études de coûts
15 h de CM - 6 H de TD - Modalités d'évaluation : Examen écrit
 
Méthodologie d’évaluation médico-économique dans les systèmes de Santé (C Colin) 9 ECTS  

Notions fondamentales en économie générale et de la Santé : Notions fondamentales en économie / Le circuit économique national / L’organisation et le financement du système de santé / La régulation du système de santé

Méthodologie d'évaluation médico-économique: Méthodes d’évaluation médico-économique / Etude des coûts / PMSI – Système de tarification à l’activité (T2A) / Evaluation  économique du médicament / Analyse de décision médico-économique / Evaluation des politiques et des programmes de santé

46 H de CM - 20 H de TD - Modalités d'évaluation : Examen écrit, rapport/Mémoire, contrôle continu

 
Outils de gestion et d’analyse de données (L Ayzac, J Vermont) 3 ECTS - CONTROLE CONTINU PAS DE RATTRAPAGE

Théâtre d'épidémiologie et ménage des données (6 h CM : 3 séances de 2 h) / Utilisation du logiciel EPI INFO 2002 (26 h :6 séances de 4 h et 1 séance de 2h)

Programme: Présentation des étapes de gestion des données et d’analyse des données des études réalisées dans les domaines de l’épidémiologie et de la recherche clinique. / Présentation d’outils logiciels dédiés spécifiquement à la gestion des données (Introduction aux Bases de données, gestion de questionnaires d’enquêtes, exemple : EPI-INFO) puis à l’analyse statistique des données (présentation de logiciels d’analyse statistique des données : EPI-INFO, SPSS, SAS, R) / Présentation de procédures pour la gestion des données / Présentation de procédures pour l’analyse statistique des données / Mise en œuvre d’outils logiciels pour la gestion de données dans les domaines de l’épidémiologie et de la recherche clinique / Mise en œuvre d’outils logiciels pour l’analyse statistique des données dans les domaines de l’épidémiologie et de la recherche clinique.

6 H de CM - 26 H de TD - Modalités d'évaluation : 100 % contrôle continu (Exercices de validation à rendre en fin de chaque séance)
 

Pharmacologie générale et toxicologique (Q Timour-Chah) 3 ECTS

Module 1-2ème partie Pharmacologie générale (16 H) – Responsable Q. Timour : Variabilité de l’action médicamenteuse, interactions médicamenteuses / Pharmacogénétique / Courants ioniques et activité électrique cardiaque / Relation pharmacocinétique-Pharmacodynamique – Notion de pharmacocinétique de population / Effets iatrogènes / Cas cliniques + QCM / Lecture critique d’articles

Module 3 Toxiicologie (12 H) - Responsable J-M Sapori : Introduction à la toxicologie / Mécanismes de toxicité / Apport de la toxicologie dans l’évaluation des thérapeutiques / Principes de la prise en charge des intoxications aiguës / Eléments de toxicologie clinique / Eléments de toxicologie clinique (Suite) / Sources Documentaires en toxicologie

REVISIONS - ED : Adaptation thérapeutiques en fonction du terrain des patients (Q. Timour – 1 h/groupe)

28 H de CM - 1 H de TD - Modalités d'évaluation : Examens écrits, rapport de stage, soutenance de mémoire

 

Recherche clinique : Application concrète et savoir-faire (F Chapuis) 3 ECTS

Diagnostics et interprétation en pharmacovigilance et toxico-vigilance (imputabilité concepts de niveau de preuve) - Intervalles de confiance, comparaison de tests, design des études // Epidémiologie d’intervention : Investigation d’un épisode épidémique,  Méthodes de surveillance épidémiologique // Réalisation pratique d’une enquête épidémiologique : Etudes longitudinales sur données groupées - Description de la santé des populations : analyse dans le temps // Organisation d’une étude clinique et d’évaluation en environnement hospitalier // Bases législatives et réglementaires : rôle et responsabilité des acteurs, promotion de la recherche, loi Huriet-Serusclat, directive européenne, recommandations internationales (BPC, ICH) // Conception de cahier de recueil de données et questionnaires // Gestion des bases de données cliniques : codage, contrôle qualité, corrections // Variations géographiques, temporelles, études écologiques // Présentation d’une étude nationale rétrospective « CHIP-OVAIRES »

23 H de CM - Modalités d'évaluation : Examen écrit

 

Statistique avancée (V Viallon) 3 ECTS - UE destinée aux étudiants souhaitant s'orienter vers les parcours de M2 B3S ou PHAME ou EPIRIS

Cette UE se destine aux étudiants du M1 de Santé Publique souhaitant s’orienter vers les parcours B3S, PHAME ou EPIRIS. Elle couvre un spectre assez large de concepts statistiques (distribution de probabilité, estimation, test, intervalle de confiance, modèle de régression, mesures d’association, durée de survie), pour la plupart introduit au premier semestre dans le module "Biostatistique et Modélisation". L’objectif de cette UE est d’en fournir une présentation plus détaillée et plus formelle, ainsi que d’établir les relations entre, par exemple, test de comparaisons de moyenne, ANOVA à un facteur et régression linéaire sur variable qualitative. A travers une introduction au logiciel R, les outils mathématiques de base seront également rappelés (vecteurs, matrices, produits scalaires et matriciels, inversion de matrice).

18 H de CM - 12 H de TP - Modalités d'évaluation : Rapport/Mémoire, compte-rendu de travaux pratiques

 

2 UEs de M1 du Master Biodiversité, Ecologie, Evoluation UCBL1 :

Bioinformatique et modélisation en écologie (C Lopes) 6 ECTS

Cette UE constitue une première approche des applications, en biologie, de l’informatique et des mathématiques. Elle est constituée de deux parties distinctes, comptant chacune à part égale pour la validation de l’UE. 

Bioinformatique : Cette partie vise à enseigner la programmation en mettant l'accent sur l'efficacité des programmes. Pour cela plusieurs concepts et outils seront abordés (complexité algorithmique, profilers). En pratique, la programmation sera effectuée en R et en python, avec un accent sur la comparaison de ces deux langages. Les programmes porteront sur des problématiques en lien avec la partie biomathématique (simulation de systèmes dynamiques, ESS). Biomathématiques : Cette partie porte sur la modélisation de dynamique des populations exposées à différents facteurs de stress environnementaux : introduction à la théorie des jeux, aux systèmes dynamiques en dimension n, à la modélisation en temps discret et à la modélisation des effets d’un facteur de stress sur les traits d’histoire de vie. Cet enseignement sera abordé à la fois de manière théorique et pratique, et se fera en alternance entre cours, travaux dirigés et travaux pratiques où les modèles étudiés seront implémentés et simulés numériquement avec le logiciel R.

13 H de CM - 7,5 H de TD - 39 H de TP - Modalités d'évaluation : Examen écrit

 

Ecologie et évolution quantitatives (S Charles) 6 ECTS 

Cette UE a pour objectif de présenter au travers des questions de Biologie Evolutive, différents modèles statistiques et modèles dynamiques permettant d'analyser des données issues de la littérature scientifique. Cette UE sera l’occasion pour les étudiants de répondre de manière concrète à des problématiques actuelles dans les domaines de l'écologie, de la génétique et de la phylogénie. Elle se décompose en trois blocs :

Sur la base de problématiques actuelles dans les domaines de l'écologie, de la génétique et de la phylogénie, cette UE sera l’occasion d'analyser de manière concrète des données issues de la littérature scientifique au moyen de modèles statistiques et dynamiques (21h CM, 39 TP).

Trois thématiques biologiques (et les outils méthodologiques associés) seront abordées : 1/ l'évolution des génomes et la prise en compte de l’inertie phylogénétique dans les processus évolutifs au niveau interspécifique (modèles de Markov), 2/ les suivis temporels et spatiaux en écologie (modèles linéaires généralisés, autocorrélation spatiale), 3 /la dynamique des populations et les analyses de survie (modèles de Leslie, modèles de durée de vie). Equipe pédagogique : Isabelle AMAT (MCU), Sandrine CHARLES (PU), Emmanuel DESOUHANT (PU), Anne-Béatrice DUFOUR (MCU), Christelle LOPES (MCU), Laurent GUEGUEN (MCU).

21 H de CM - 39 H de TP - Modalités d'évaluation : Examen écrit

 

UE libre provenant d'autres M1

 

STAGE OBLIGATOIRE 15 ECTS : Au cours du second semestre, les étudiants doivent effectuer un stage d’initiation à la recherche d’au moins 4 semaines. Ce stage doit être effectué dans un laboratoire de recherche universitaire ou privé ou dans une collectivité locale. Le stage est validé par un mémoire et une soutenance orale au mois de juin.